O Conselho de Administração da COGEL é o órgão máximo da empresa. O colegiado é integrado por sete membros eleitos pela Assembleia Geral, todos com mandato fixo de dois anos, capacidade profissional, técnica ou administrativa comprovada, experiência compatível com o cargo, idoneidade moral e reputação ilibada. As decisões são tomadas sempre por maioria absoluta dos presentes por meio de reuniões periódicas.
Entre as atribuições do Conselho de Administração estão:
I. Aprovar o planejamento estratégico contendo as diretrizes de ação, metas de resultado e índices de avaliação de desempenho;
II. Aprovar programas anuais e plurianuais, com indicação dos respectivos projetos;
III. Aprovar orçamentos de dispêndios e investimento, com indicação das fontes e aplicações de recursos;
IV. Acompanhar a execução dos planos, programas, projetos e orçamentos;
V. Definir objetivos e prioridades de políticas públicas compatíveis com a área de atuação da empresa e o seu objeto social.
As atividades da COGEL são exercidas sob o comando da Diretoria Executiva, formada pelo diretor-presidente e por membros da Diretoria Administrativa e Financeira e Diretoria Técnica.